Pendiri Pondok Pesantren Sukamanah, K.H. Zainal Musthafa, memimpin pesantren tersebut selama kurang lebih 17 tahun (1927 – 1944). Dalam kurun waktu tersebut, beliau mengabdikan diri dengan membekali para santrinya dengan ilmu yang diperoleh selama 17 tahun menimba ilmu di berbagai pesantren. Namun, akibat perlawanan terhadap tentara Jepang, beliau ditangkap dan dijadikan tawanan. Berdasarkan dokumen Kantor Ereveld Belanda Ancol, Jakarta, K.H. Zainal Musthafa beserta santri-santrinya dijatuhi hukuman mati pada tanggal 25 Oktober 1944 dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Belanda, Ancol, Jakarta. Kemudian, pada tanggal 25 Agustus 1973, jenazah beliau beserta 17 orang pengikutnya dipindahkan ke Makam Pahlawan Sukamanah.

Selama 17 tahun, KH. Zainal Musthafa mencetak banyak generasi alim yang cakap mengajarkan ilmu agama. Berkat kedalaman ilmu dan akhlaknya, santri berdatangan dari berbagai pelosok hingga jumlah santri mukim mencapai 600–700 orang per tahun, sementara santri kalong (tidak menetap) lebih dari dua kali lipatnya. Selain mengasuh pesantren, beliau aktif di Nahdlatul Ulama (NU) dan berperan dalam menyebarkan panji-panji NU di Tasikmalaya. Sepeninggalnya, pesantren dirintis kembali pada tahun 1950 oleh KH. M. Fuad Muhsin (keponakan dan menantu beliau) dan K. Uha Abdul Aziz (adik beliau) dengan bimbingan KH. A. Wahab Muhsin (Pesantren Sukahideng / Keponakan dan murid langsung KH Zainal Musthafa). Kemudian, pada 17 Agustus 1956, didirikan Yayasan KH. Zainal Musthafa Sukamanah untuk melanjutkan perjuangan beliau. Pada tahun 1999, KH. M. Fuad Muhsin menyerahkan kepemimpinan kepada putranya, yaitu KH. A. Thahir Fuad, yang menjadi pimpinan pesantren hingga sekarang.

Saat ini, selain menjadi pondok pesantren, Yayasan KH. Zainal Musthafa dan Kementerian Agama juga menyelenggarakan pendidikan formal untuk menjawab tantangan zaman. Lembaga pendidikan yang berada di bawah naungannya meliputi MAN 1 Tasikmalaya (dahulu PGA Sukamanah), MTsN 1 Tasikmalaya (dahulu MTs Sukamanah), SMP KHZ Musthafa, dan SMA KHZ Musthafa. Kehadiran lembaga-lembaga ini menjadikan Pesantren Sukamanah mampu menyelenggarakan pendidikan keilmuan Islam yang lebih komprehensif dan terintegrasi.